MaestroEvЧто ж мы сразу то или убить пользователя или убить процесс.

Ладно, упростим задачу. Выключить надо не резко, а в принципе. Ночь большая. Выключить и все. Дождаться всех незавершенных циклов если есть и выключить так как это бы сделал юзер последовательно закрывая все окошки и нажав <выход>.

Серверу утром нужен монопольный режим и у нас вся ночь на выход из программы.
Давайте опишем стратегию, а не реализацию. К реализации перейдем после понимания того что, когда и где надо делать.
1. И как Вы собираетесь это отслеживать незавершенные циклы? Единственное решение - писать куда-то стек активных (работающих) процедур и функций... А если программа вдруг ушла в "бесконечный цикл" (мало ли, иногда встречается даже на давно работающих программах)?
2. Как Вы собираетесь выключать программу? Программа = "черный ящик". А вся интерактивность - она находится внутри программы. И повлиять на ее завершение иначе как принудительно "убив" процесс Вы не можете. Если же Вы будете ждать завершения программы, которая в свою очередь ждет действий от пользователя (например, ввод недостающих для расчета данных), то рискуете ничего не дождаться.

По-моему, есть только одно адекватное решение Вашей ситуации: отойти от Фокса и оформлять все Ваши программы в виде сервисов Windows. Тогда Вы сможете послать им сигнал завершения (соответствующий ключ в командной строке), а программа сможет корректно завершить свою работу...