Правильно, считает, поскольку Reccount() фактически читает значение заголовка таблицы. Если нужен подсчет по условию, то есть варианты:

1)
LOCAL lnCount
select MyTab
COUNT TO m.lnCount

2)
LOCAL lnCount
select MyTab
CALCULATE CNT() TO m.lnCount

3)
SELECT COUNT(*) FROM MyTab

В случае наложения фильтра типа SET DELETED ON все 3 способа проигнорируют записи помеченные на удаление.

В случае наложения фильтра по SET FILTER TO первые 2 способа будут считать только записи удовлетворяющие условию фильтра, а Select-SQL проигнорирует наложенный фильтр

Первые 2 способа по окончании расчета переведут указатель записи в конец таблицы, т.е. EOF()=.T.

Во всех 3 способах можно указать дополнительные условия в соотсветствии с которыми требуется вести подсчет.