Существуют такие понятия:

design-time - время разработки приложения
run-time - вемя выполнения готового приложения (файла EXE)

design-time - это полностью установленный Visual FoxPro со всеми "прибамбасами" на машине разработчика

run-time - это необходимый минимум библиотек, который поставляется клиенту вместе с готовым EXE

Как следствие, есть настройки design-time и настройки run-time. То, что требуется на этапе разработки восе не нужно, а иногда просто вредно, в готовом приложении.

Настройки design-time (Set As Default) физически сохраняются в системном реестре Windows. Вы же не потащите системный рееестр на машину клиента.

А чтобы запутать все окончательно, есть такое понятие Private DataSession. При открытии Private DataSession часть настроек, сделанных при открытии программы "сбрасываются" в значение по умолчанию. Т.е. надо повторять их настройку. Полный список таких настроек можно почитать в описании к команде SET DATASESSION.

Ну, и более подробно все то же самое:

Главный (стартовый) файл проекта. Настройка среды FoxPro