Блок А.Н.хм, уже вижу, что вы правы, но еще не могу понять, почему так работет.
Так работает потому что промежуточный объект хранит связь между объектами. А т.к. Б мы удалили, то %Id у него пустой. И при сохранении А проверяются все связанные объекты на их наличие в базе и модификацию. Таким образом, увидев через промежуточный объект, что есть несохраненный объект Б, мы пытаемся его успешно сохранить.
В общем Relationship выполняет свою задачу. Но при этом требует слишком пристального к себе внимания.