одна контора, владелец исключительных прав, передает другой конторе неисключительные права с возможностью передачи этих прав третьим лицам.
лицензионный договор, соответственно.

Взаимоотношения здесь достаточно прозрачные - никакого "совладения" нет, одна контора производитель ПО, другая - дилер. Дилер кроме передачи полученных прав третьим лицам ничего не может.

ChronSQLТ.е. наша фирма им передает неисключительные права с возможность продажи продукта и финансирования нашей разработки.
OMG. осваивайте бюрократический язык. Дарю:

1.1. По настоящему Договору Лицензиар обязуется предоставлять (передавать) Лицензиату на условиях простой (неисключительной) лицензии права на использование программ для электронно-вычислительных машин (ЭВМ) в пределах и способами, указанными в п.1.2 настоящего Договора. Наименование программ для ЭВМ, права на использование которых предоставляются (передаются) Лицензиаром Лицензиату, указывается в счете, выставляемом Лицензиаром на основании предварительной заявки Лицензиата, и в Акте приема-передачи прав, подписываемом Сторонами в установленном настоящим Договором порядке.
1.2. Право на использование программы для ЭВМ, предоставляемое (передаваемое) Лицензиату в соответствии с настоящим Договором, включает использование следующими способами: неисключительное право на распространение программы для ЭВМ конечным пользователям, находящимся на территории России; и неисключительное право на воспроизведение программы для ЭВМ, ограниченное правом инсталляции, копирования и запуска программы для ЭВМ в соответствии с лицензионным соглашением для конечного пользователя, предоставляемое с единственной целью передачи этого права конечным пользователям, находящимся на территории России. При этом право на использование программы для ЭВМ, в отношении которого предоставляется простая (неисключительная) лицензия, ограничено пределами, предусмотренными лицензионным соглашением для конечного пользователя.
1.3. Лицензиату предоставляется право предоставить (передать) полученное от Лицензиара по настоящему Договору право на использование программ для ЭВМ в установленных в п.1.2 настоящего Договора пределах конечному пользователю, находящемуся на территории России.

"Финансирование разработки" - это уже как договоритесь. В данном случае это кусок договора дистрибутора (или владельца ПО) с дилером. Дистрибутор поставляет дилеру ПО по цене N, дилер поставляет ПО конечным пользователям по цене N+X. N платит дистрибутору, X оставляет себе.

ChronSQLА какой договор должен заключить разработчик с работодателем для гарантированного получения процента с продаж?
вы все в кашу смешали. Если работодатель дал вам задание написать ПО, то это служебное произведение, и кроме зарплаты вы ничего не получите.
Если вы пришли со своим софтом в некую контору, и хотите чтобы контора продавала софт (например, "я частник, продаю софт через софткей"), заключаете с конторой то же самое соглашение как я написал выше (неисключительные права).

Если вы группа разработчиков, которые учредили свою контору, разработали ПО и начали его продавать, то разумно делить дивиденды по долям участия учредителя, при этом владельцем ПО будет считаться контора.

Если вы разработчик внутри конторы, и пришли к руководству - "давайте напишем софт, будем продавать, и делить бабло", то я вашей наивности могу только посочувствовать. То есть, по закону автор, даже если он написал софт в конторе по статье ГК 1205, должен получать вознаграждение. Но нигде не сказано, что за каждый экземпляр проданной программы, и т.д.
И я, сходу, не представляю, как такое возможно оформить юридически. Более того, это очень шаткая схема, и при любом конфликте вам однозначно светит суд с работодателем за бабло.

Если ваша контора согласится, и софт действительно написан вами не как служебное задание, то
1. вы (как физическое лицо) считаетесь изначально автором ПО и владельцем исключительных прав
2. заключаете со своим работодателем лицензионный договор на передачу или неисключительных прав (как указано в начале) (статья 1236 п.1), или исключительных прав (статья 1236 п 2) (но на конкретный срок и с четко прописанным вознаграждением за продаваемые экземпляры, отчетностью и т.п.).

Но я бы лично не рискнул передавать исключительные права, даже временно, даже если контора обещает райские кущи. Спешить обычно некуда, можно начать с неисключительных, а потом уже решать дальше.

Пока начните отсюда
http://www.ibase.ru/kdv/newrights.html
и потом штудируйте подробнее всю 4-ую часть ГК.

kdv2. заключаете со своим работодателем лицензионный договор на передачу или неисключительных прав
уточню, что в любом таком договоре не должно быть никаких слов "сотрудник" или "работодатель", иначе это все профанация.
Договор заключается между двумя лицами, одно из которых Лицензиар, другое - Лицензиат. Если продаете исключительные права на ПО совсем, с концами, то тогда это уже отчуждение исключительных прав, и там Правообладатель, и Правоприобретатель (это когда к вам приходит контора, и говорит - чувак, я тебе дам за твою софтину 3-5-10-100к баксов, продай насовсем).

начну с конца.
ChronSQLА вот здесь не совсем понятно. В статье 1236 написано, что передача исключительных прав происходит по лицензионному договору, а в сноске и статье 1234 написано, что не по лицензионному. Это как?
это так, как написано в статье 1234. Это договор на отчуждение исключительных прав, а не "лицензионный договор". Вы в нем ничего не лицензируете, а берете, и ОДНОРАЗОВО и НАВСЕГДА передаете третьему лицу исключительные права на продукт.

ChronSQLИ по статье 1296 пункту 2, что я могу если исключительные права принадлежат работодателю из перечисленного сделать с ПО: пользоваться в домашних условиях, распространять безвозмездно, использовать в последующих заказных разработках и других проектах у других работодателей?
объем неисключительных прав всегда определяется явно, перечислением. То, что вам оставит заказчик, то и можете.

ChronSQLНо т.к. фирма занимается не только этим продуктом, то прибыль с разных продуктов делится в разных частях в зависимости от занятости конкретного сотрудника в этом проекте.
Какой нужно заключить договор дольщику с фирмой, что бы получать именно с этого продукта отчисления большие чем доля в фирме?
я сам владелец бизнеса, и продавал свой софт частным образом еще в 1993 году, но от вашего вопроса я охреневаю, честное слово. Вы разберитесь сами, вы дольщик, автор, дилер, работник, исполнитель или еще кто.

ChronSQLРегистрация программы не нужна по 1262, но что дает регистрация и зачем тогда нужна?
если авторов много, и вы продаете программы в гос-организации, и если есть явные конкуренты, и т.д. Смотрите формы на fips.ru, сами решайте, надо вам это или нет.

ChronSQLПо сути ведет только к тому, что договор о передаче исключительных прав так же надо будет регистрировать статья 1234
я уж не знаю, что там "по сути", но статья 1234 - это отчуждение прав, то есть, когда вы со своей программой хотите расстаться навсегда.

ChronSQLТ.е. с дилером заключаем лицензионный договор на тиражное ПО - простая (неисключительная) лицензия. Дилер по 1286 явно заключает договор лицензирования с клиентом, чтобы не облагаться НДС.
да. хотя не совсем "чтобы не облагаться НДС". Потому что это уже бухгалтерия:
"Почему я не могу купить ПО как товар, без лицензионного договора"
http://www.ibase.ru/embarcadero.html#b2
Ну и Налоговый Кодекс РФ (статья 149, Операции, не подлежащие налогообложению, пункт 2, подпункт 26).

ChronSQLЕсть небольшая фирма, в неё приглашают работать автором.
любой программист в любой конторе является автором. Но это не значит, что ему положена "доля" или какие-то исключительные права. Он наемный работник и получает зарплату. Автор? Да, никто у него авторство не отнимет. Владеет правами на созданное им ПО? В большинстве случаев - нет.

ChronSQLЕсть варианты сотрудничества в черную, по трудовому договору, по трудовому договору с приложением описывающем вознаграждение от реализации продукта, стать дольщиком.
у вас какая-то нехорошая каша в голове. "в черную" - это вообще могли бы тут ничего не спрашивать.
По трудовому договору - да, здесь все четко.
"Дольщиком" - каким дольщиком и куда? Смотрите ответ ниже.

ChronSQLЧто из этого является достаточной гарантией для получения % с продаж продукта на все время его существования?
гарантией является знание ГК и составление четких договоров и документов с вашими компаньонами, работодателями и т.п.
И то, это не 100% гарантия. Почитайте на досуге ситуации, похожие на эту, поищите еще
http://www.cnews.ru/news/top/index.shtml?2011/02/18/428515

ChronSQLИ опять же у вас бизнес сколько человек? А если в нем 100 из которых дольщиков 10
когда 10 и больше - это уже акционеры, со своими долями. Обычно "дольщиков" бывает не больше трех, и чем их меньше, тем лучше.
То есть, вариант получения доли зависит от формы собственности конторы.
В ООО вам обычно никаких долей не светит, если только вас не берут в учредители, а этот процесс достаточно геморройный, и обычно не приветствуется учредителями же. В ОАО и ЗАО нужно быть владельцем акций.
Про ИП нет смысла говорить.

я еще позволю себе добавить (опять же, как владелец бизнеса), что подобные вопросы (особенно про дольщиков) могут быть навеяны незнанием как бухгалтерии, так и специфики бизнеса по продаже ПО.

Допустим, некая контора продает свое ПО. По идее, получаемые за ПО деньги, это 100% прибыль. Но у любой конторы есть расходы:
офис, коммуникации, зарплата (причем, нужно помнить, что фирма с зарплаты сотрудников платит соцналоги, и если человек получает на руки 10к руб, то фирма платит налогов примерно 5к руб, т.е. зарплата сотрудника обходится ей в 15к руб), другие затраты (софт для работы, компьютеры...).
С оставшейся суммы платится налог на прибыль (как минимум), это 20%.
Прибыль может быть пущена на развитие, или распределена между учредителями или акционерами (и никем другим) как дивиденды (обычно по итогам года).

Теперь софт. Допустим, в розницу ПО продается за 100 рублей. Если компания сама продает свое ПО, то тут вычитаются затраты на рекламу, поддержку веб-сайта, хостинг, процессинг используемой платежной системы (до 10%), и т.д.
Если же продавать тиражный софт массово, то тут нужны дилеры. Дилер берет в среднем процентов 30%. Дилеров, опять же, нужно ублажать походами в кабак, выездами на семинары, маркетинговыми материалами, и т.д.
Если разворачивать сеть продаж еще шире, то нужен хотя бы один дистрибутор. А это уже минус ~50% от розничной стоимости ПО.
То есть, от 100 рублей в лучшем случае остается 30. Из которых нужно оплатить офис, коммуникации, выплатить зарплату сотрудникам, и т.д., ну и оставшееся (если осталось) - поделить в виде дивидендов.

И вот тут наступает момент, когда перед человеком встает выбор - или работать "автором" за зарплату, или выпятив грудь, считать себя "дольщиком" (с неизвестными перспективами). Ну или работать как фрилансеры, по договорам. Или вообще, забить на остальных, и продавать свой софт самостоятельно, например через softkey.ru. А потом, по результатам, создать свой бизнес, и ... см. изложенное выше.