зависит от того, насколько парень доверяет жене. :-)
В данном случае я бы не усложнял, и все продал как от ИП, потом снял деньги, и все. В противном случае нужно
- парню и ИП заключить лицензионный договор на передачу неисключительных прав с правом передачи этих прав другим лицам (ГК 4 часть Статья 1236).
- ИП продает неисключительные права покупателю, также по лицензионному договору (уже между ИП и покупателем)
- ИП платит парню отчисления по лиц. договору (между ИП и парнем)
- парень должен заплатить 13% НДФЛ.

Если парень планирует развестись с женой, то тогда так и надо делать. Если нет - просто продает по лиц. договору от ИП, потом жена снимает деньги со счета ИП, и как-то делят.

AleksVoronezhИП с большего относительно дохода платит меньший процент, чем просто продавец?
ИП платит столько, сколько платит. или 6% с чистого дохода, или 15% с разницы между приходом и затратами. Жена должна знать, на какой схеме ее ИП.
про "просто продавец" непонятно, что имеется в виду. продавцы разные бывают. И ИП, и ООО, и бабушки.

sanyock2не забываем про отчисления в ПФР
физлицо само решает, платить или нет в ПФР. у ООО (и вроде ИП) выбора нет, все налоги платятся сразу, в т.ч. и НДФЛ.

AleksVoronezhПри этом побегав по "присутственным местам" и что самое не приятное, заплатив авансом тысяч 15-20 просто так в пенсионные всякие фонды?
не надо сочинять. до начала деятельности никто не может заставить вас платить налоги с "ничего".

dvimЯ оказываю услугу .
В моем варианте "Услуга по настройке программного обеспечения ААА". Она уже включает в себя утилиту.
весьма опасный и порочный путь. Услуга оказана, утилита осталась. Права на нее принадлежат кому? Вопрос.
Поэтому ПО не может поставляться в составе услуг. Бухгалтерии, которые "не имеют вопросов" по этому поводу сильно рискуют, там сидят "чайники".
Если не хотите морочить себе голову лиц. договорами, продавайте ПО как товар (без НДС, потому что ИП без НДС).

AleksVoronezhХм, интересно. А нельзя ли поподробней. Дело в том, что Ваш вариант видимо расчитан все-таки на прямой контакт с заказчиком. Если продавать только через Интернет - это уже сложнее. Кроме того, как Вы страхуетесь от того, чтобы покупатель не реплицировал утилиту?
не слушайте его, это вариант для тупых бухгалтерий, которые не читают НК РФ и никогда до этого не покупали ПО. Любая нормальная бухгалтерия сразу пошлет вас лесом с ПО, включенным в услуги.
"страховка от репликации" это уже вопрос защиты ПО (привязки к компу), сюда не относится.

И, в общем случае нет никакой разницы между прямым контактом с заказчиком, продажей через интернет (кстати это проще, чем "контакт), или любым другим видом продажи. ПО в РФ можно продавать как товар (с НДС) или как права на ПО (без НДС, по лиц. договору), аминь. Через что вы осуществляете продажу - не важно (напрямую, через softkey.ru или другого дистрибутора, или через ИП жены).

AleksVoronezhОбычно лицензиар пишет в договоре передачи неисключительных прав типа что авторство программы подтверждается таким-то свидетельством регистрации...
ничего такого лицензиар не пишет. На авторство программы всем покласть, потому что авторство не требует подтвержения, и потому что передаются неисключительные права, а не авторские. Тут важно, кто обладает исключительными правами.

А регистрация делается только тогда, когда
а) есть придурочные (обычно гос) организации, которые требуют эту регистрацию показать.
б) у вас есть риск что кто-то у вас может спереть код и начнет продавать то же ПО только от себя.
То есть, регистрация обычно делается в случае возможного суда на тему авторских прав.

а, еще забыл - регистрация может потребоваться когда вы решите продать свое ПО навсегда (с исходниками) кому-то. Т.е. покупатель может потребовать подтверждение, что ПО вы продаете свое, а не скопировали где-то чужие исходники. Но "отчуждение неисключительных прав", статья 1234, делается редко. Если хотите - можете почитать мою "выжимку" важных статей из 4-ой части ГК. Там и про необязательность регистрации сказано.
http://www.ibase.ru/kdv/newrights.html

AleksVoronezhА как подтверждаются исключительные права?
например, одним из пунктов лиц. договора:
6.2. Лицензиар подтверждает, что является владельцем исключительных прав на программное обеспечение, на которое передаются неисключительные права по настоящему Договору. Лицензиар гарантирует, что настоящий Договор не противоречит Гражданскому Кодексу РФ и не нарушает права третьих лиц в случае исполнения Лицензиатом всех условий данного Договора по каждой программе для ЭВМ и базе данных, в отношении которой Лицензиату передаются неисключительные права на использование.

кстати, я же вам дал ссылку на "выжимку" из ГК. Вы бы могли сразу прочитать
Статья 1227. Интеллектуальные права и право собственности
...
2. Исключительное право на результат интеллектуальной деятельности, созданный творческим трудом, первоначально возникает у его автора. Это право может быть передано автором другому лицу по договору, а также может перейти к другим лицам по иным основаниям, установленным законом.

Иные основания - это статьи 1234, 1286, 1295, 1296.

sanyock2а разве ООО или ИП при оплате деятельности физ.лица не должно выступать в роли агента по уплате в ПФР?
ООО - да, ИП - не знаю. Знаю что раньше наемным работникам в ИП пенсионный стаж не начислялся, типа потому, что ИП это "один человек".
Для ООО оплата наемному работнику - это ад, например, можете посмотреть, сколько физлицам удерживает softkey.ru. Проще перечислить в ИП.

В той фразе я имел в виду, что например, если физлицо продает шаровару через shareit, и получает бабло на карточку, тот тут сам себе судья и в отношении ПФР, и в отношении НДФЛ.

sanyock2НДФЛ вроде бы физлицо вправе само заплатить, если агент не может или не хочет.
у нас пока "агент" не может не хотеть или не мочь. Он обязан :-) Как минимум, если заключен трудовой договор.