BartolomeusМогут ли Налоговые органы отказать в возмещении НДС по счёту-фактуре ?
эээ... в возмещении? А на каком основании вы собираетесь "возмещать НДС"?
может, лучше почитать НК, статья 149, пункт 2, подпункт 26, и урегулировать вопрос с поставщиком?

2. Не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) реализация (а также передача , выполнение, оказание для собственных нужд) на территории Российской Федерации:
...
26) исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных , топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора .

Услуги же по разработке ПО - да, облагаются НДС. и вы должны были увидеть этот НДС еще в счете и договоре.

p.s. если вы на упрощенке, и без НДС, но вам выставили счет с НДС, ничего вы "возместить" не можете. Оплачиваете счет целиком, а уже за вас получатель платежа уплатит НДС государству. Поэтому в такой постановке вопроса о "возмещении НДС" налоговая естественно вам откажет.
могу быть неправ, лучше задать вопрос квалифицированному бухгалтеру.