судя по вашим словам, у заказчика юрист дубовый. Это нормально, в смысле, бывает очень часто, удивляться не надо.
Обычно в таких случаях лучше всего выяснить у вопрошающего, что за "лицензия" им нужна, и что они вообще имеют в в виду под "лицензией". Как правило, спрашивают обычно какую-то чушь.
Сами пока почитайте 4-ую часть Гражданского Кодекса (если вы в РФ), как минимум статьи 1296, 1297.
Можете начать отсюда:
http://www.ibase.ru/kdv/newrights.html

p.s. еще иногда такие дятлы под "лицензией" имеют в виду наличие у вас лицензии на разработку программ. Этот вид деятельности не лицензируется, к счастью.
http://www.st-standart.ru/licence/lic_vid.htm

Kateryneибо в договоре четко прописано, что право собственности переходит к нему.
добавлю, что если в договоре прямо так и написано, про "переход права собственности", то договор у вас тоже дубовый, извините.
Читать ГК нужно было до составления договора.

лицензионный договор регистрировать по умолчанию не нужно, нужно только в специфических случаях. Опять же, читайте на эту тему ГК (правда, продраться именно на эту тему через кросс-ссылки статей достаточно сложно).

KateryneПри таком раскладе мы имеем право составлять лицензионный договор?
если вы владелец исключительных прав на какое-то ПО, то в отношении этого ПО вы имеете право заключать любые лицензионные договора.
В вашем случае (раз уже один договор есть) должно быть 2 договора. Один на передачу неисключительных прав на исходное ПО, и второй договор - на доработку этого самого ПО.

Штудируйте ГК.

Вопросы не стыкуются

BartolomeusВ договоре есть пункты об исключительных правах Заказчика на созданное программное обеспечение и передаче Заказчику программного кода и технической документации на принятый вариант ПО.

BartolomeusМожет ли представитель Заказчика требовать от Исполнителя получение в цифровом виде в форме нескомпилированного проекта исходного кода программы ?

программный код = исходный код
исключительные права - полные права на ПО, включая исходный код. Исключительных прав без исходного кода можно сказать что не бывает. Потому что по статье ГК 1229 "Исключительное право" - это право использовать результат интеллектуальной деятельности любым способом. Без исходного кода это невозможно.