eiler2005Собственно, есть два отдела в компании - отдела разработки Java и отдел разработки пользовательских интерфейсов

получается так, что многие из отдела пользовательских интерфейсов знают Java и их используют в проектах, как Java-разработчиков

понятно, что ошибка в оргструктуре компании

Возникают вопросы

1. Каким образом можно улучшить оргструктуру? Все-таки разрабатывать только интерфейсы неинтересно и неуниверсально, многие учат джаву
2. Как решить вопрос с делением людей между отделами?

Я думал, что можно делить людей между аккаунтами и банками, но если вдруг человек не смог работать в одном банке, ему придется переходить из отдела в отдел

То есть проблема еще и в том, что мы сами не понимаем как делить людей между отделами, а если и люди в отделах не будут понимать - то это будет ужас
"понятно, что ошибка в оргструктуре компании"
Кому понятно? Исходя из каких соображений сделан этот вывод?
Какая цель задачи - "улучшить оргструктуру"? Кто заказчик таких изменений? Какой критерий улучшения и какой "профит"?

Организационные структуры, как правило, делят на:
- функциональные;
- матричные;
- проектные;
- смешанная.
Существуют рекомендации по выбору варианта структуры. Выбор основывается на потребностях компании с учетом доли проектов в деятельности и степени уникальности проектов.
Поскольку проектов может быть несколько то необходима группировка проектов по степени уникальности и для каждой группы возможно формирование отдельных "подструктур".

Для ответа на те вопросы которые вы сформулировали попробуйте для начала понять:
- что является конечным продуктом (услугой) деятельность организации в целом, и каждого из подразделений;
- какую потребность потребителя удовлетворяет получаемый продукт (услуга);
- каким образом изменения в организационной структуре повлияют на конечный продукт (услугу) и как это отразиться на удовлетворении потребности потребителя.

Если выяснится что каждыое из этих двух подразделений выдает законченный конечный продукт востребованный потребителем то возможно ничего кардинально менять не нужно.
Если окажеться что конечный продукт является результатом деятельности двух отделов, возможно что такое деление на данном этапе развития вашей компании и тех проектов которые вы реализуете уже не целесообразно.то было бы правльно их объединить в рамках одного функционального подразделения.

Пожалуйста поясняйте подробнее используемые термины, что означает термин "аккаунты"
Принцип группировки специалистов в отделы по прниципу отдел - клиент возможен только при условии что это постоянный клиент и загрузка по проектам и задачам этого клиента очень значительна. В остальных случаях, как правило, более целесообразно использования "слабой матричной структуры".