Когда-то пару лет назад я тоже выбирал из софтин FileMaker Pro 5, Rational ClearQuest 5.1, BugZilla 2.16.3 и DevTrack 5.5.2. И вот что заметил:
DevTrack v.5.5.2
=============
Plus:
1.Простая и гибкая, но нельзя выйти за границы конструктора
2.Красивая графическая статистика
3.Связь с Visual SourceSafe
4.Мощное формирование отчетов
5.Встроена служебная документация
6.Экспортирование отчетов в любой формат
7.Распределение работ на проекте в %
8.Перекрестные связи с другими ошибками
9.Возможность запуска несколько DevTrackов одновременно на одной машине
10.Выбор ODBC-Compliant Database (including MS SQL 6.5, 7.0, 2000, Oracle (7.3, 8.04, 8i, 9i), InterBase, and Sybase SQL Anywhere 5.5.).
Minus:
1."Дубовый" интерфейс
2.Недостатки с фильтром для каждого пользователя
3.Демо на 60 дней (хотя есть crack)
4.На выполнении Time Track -> иногда crash
6.Нельзя редактировать ошибку, которую занес не я (в новых версиях устранимо)
7.Не совсем удобный поиск по разным полям (но уже привык)

Rational ClearQuest v.5.1
====================
Plus:
1.Гибкий интерфейс
2.Широкие настройки запросов
3.Большой опыт работы
Minus:
1.Пакет не сертифицирован
2.Медленно работает
3.Громоздкий в обслуживании

BugZilla v.2.16.3
=============
Plus:
1.Специально создана для работы в Интернете
2.Простота в работе
3.Freeware
4.Поиск дублирующих ошибок
Minus:
1.Трудность в настройке и обслуживании
2.Скорость работы зависит от траффика
3.Нет приложений к ошибке (screenshot или офисный документ)
4.Привязанность к e-mailу пользователя
5.Примитивный интерфейс
6.Слабая статистика

FileMaker Pro 5.0 откинул по причине ну просто приелся ;)

И остановился на DevTrack 5.6 for Web, смотри на:
http://www.techexcel.com/products/devtrack.html
Желаю успехов :))