Будущее у «файл-серверных» СУБД есть. Пример – SQLite, встроенная в PHP 5. Сам применяю, перешёл с неё на PosgreSQL 8, причём довольно гладко. И по-моему у файл-серверных СУБД есть некоторые плюсы.

1) Если файлы БД и ПО бизнес-логики на содержатся на одном компе – обладают неплохим быстродействием: считать мегабайтный файл с локального диска может быть быстрее, чем дождаться/отправить/дождаться/получить килобайт по сети

2) По идее, такие СУБД могут быть «вещами в себе» и не требовать установки, не корёжить систему, не вносить лепту в царящий там «ад dll»

3) Для работы они не порождают слушающих порты, нередко небыстрых и дырявых демонов, которые потом хитро работают с ОС и плодят процессы, с удовольствием кушающие мегабайты и мегагерцы

4) Слабое место таких СУБД – механизм сериализации транзакций; но не всегда система, которой нужно хранить хорошо упорядоченные данные, должна позволять изменять данные больше чем одному пользователю; для самого же локального пользователя всё хорошо и быстро

В общем, для прототипа web-based системы – «а мне больше и не надо». Конкретно SQLite (фактически – библиотека в 200 Кб) понимает SQL 92, и о ней я могу сказать много хороших слов.

mirПравда можно заметить, что существуют и КС, удовлетворяющие вашим пп. 2 и 3. Например, embedded Firebird.
Пункту (2) о "вещах в себе" - да, сколько угодно. Встраиваемые FireBird и MySQL - пробовал, работают.
Пункту (3) о "прожорливых дырявых демонах" - нет. Действительно, можно поспорить о ресурсоёмкости, которая сильно зависит от конкретной реализации, и о том, что оптимальнее - подгружать или держать в памяти, библиотеку или "демона". Но лишний процесс, слушающий порты, всегда добавляет в системе лазеек, пусть даже ему "приказано" не откликаться на внешние запросы.