harrypotter, вашу задачу решают системы электронного документооборота (СЭД). Решают успешно вот уже более десятка лет. Кроме хранения тел документов, эти системы управляют и метаданными (название, автор, контрагент, проект и т.п.), организуют поиск и классификацию документов. Это - целый мир, поэтому рекомендую сначала погрузиться в эту тему. Есть интересный просветительский ресурс ecm-journal.ru, там масса статей по теме СЭД (ECM, Enterprise Content Management), читайте и просвещайтесь.
На отечественном рынке трудятся десятки поставщиков СЭД, среди лидеров я бы назвал Directum, ЭОС, DocsVision. 1C также вышел на этот рынок со своим 1С:Документооборот, но это первые шаги. есть еще Евфрат-Документооборот, CompanyMedia от ИнтерТраст, Optima Worlflow от Optima Software. Многие поставщики имеют в арсенале решения типа "Проектный документооборот", как раз решающее задачу управления документацией. Пообщайтесь с представителями компаний, это позволит в сжатые сроки получить готовую информацию. Можете сделать маркетинговое исследование, прикинуть, в какую сумму вам обойдется каждое решение.

Среди бесплатных я знаю Alfresco и Microsoft Sharepoint Foundation (Microsoft Office Sharepoint Server уже платный). Если у Вас уже есть опыт работы с продуктами от Microsoft, попробуйте Sharepoint Foundation - там есть несколько шаблонов готовых сайтов - может, что-то и подойдет.