c конструкцией Inner Join или простого перечисление таблиц и прописывание связей после where

AFAIK и да и нет. В теории, влиять не должно. На практике, реализация ANSI синтаксиса в Oracle при сложных запросов вполне может дать какую нибудь разницу.

Также влияет-ли СУБД в которой используется та или иная конструкция?

Разумеется СУБД влияет. Даже стиральный порошок Дося от Тайд все же отличается. Что бы не говорила реклама )))