Romulus,

Кто составлял эти требования? Такое впечатление, что разные люди собрали "хотелки" каждый по своей задаче. Нет общей логики и целостности.
Браться за такую задачу без грамотного обследования и ТЗ - это гиблое дело. В идеале отдельным договором провести обследование (с описанием бизнес-процессов - они тогда сами поймут, что и как им надо автоматизировать) и разработать ТЗ.
Разрабатывать с нуля тоже не советую. Лучше найти подходящую платформу (открытость, развитые средства адаптации, поддержка удаленных рабочих мест, наличие базовой функциональности по требуемым задачам и т.д.), и на ее базе уже реализовывать проект.
И еще один совет: определитесь сразу кто отвечает на регламенты и прочие методические документы (регламенты финансовой деятельности, набор статей, структура бюджетов, регламент закупочной деятельности и т.д.), чтоб их разработку тоже на Вас не повесили.
Еще про справочники надо уточнить (надо делать единую систему НСИ, как минимум с 1С, которая упомянута).

По стоимости (оцениваю, если бы мы делали на нашей системе):

Этап Длительность Стоимость

Обследование и разработка ТЗ 3 - 6 месяцев 400 - 800 тыс. руб.

Внедрение 8 - 12 месяцев 7 - 10 млн. (может быть и больше)

Отдельно еще надо считать стоимость лицензий.