Я-бы пошел от оптимизации систем хранения. В конце концов они определяют перформанс. А там где
хороший перформанс и меньше побочных эффектов.

Я вижу так.

1) Система А в течение дня трекает изменения и кладет их в отдельную табличку daily_changes
2) Выкладывает ее на общее хранилище с датой в виде префикса или фолдера в вие XML/JSON/CSV неважно.
3) Система B затягивает к себе daily_changes во временную табличку.
4) Система B делает merge временной таблички в основную.

Мой сценари исходит из практики ETL. Табличек может быть много и нормальнизовнных но суть таже.

Всякие кролики и прочие Кафки - нужны там где вы хотите в онлайне видеть изменения. А ваш кейс
другой. Вам не нужны оперативные данные. Вам достаточно сутошных снимков.

Загрузите за 1 минутку ваши 2к сущностей. И незачем тянуть кота за хвост.