Т. е. все пользователи маршрутного листа смогут только просматривать документы в pdf-формате?
Делать им правки в документах не предусмотрено?

Да, вам правильно указали, что вы не сформулировали чётко цель автоматизации деятельности
(сокращение сроков обработки документов (например, в среде МФЦ), контроль исполнения, надзорная деятельность и т. п.).
Для разных целей могут быть использованы разные механизмы их достижения (реализации).

авторСкорее контроль исполнения и сроков исполнения.

Наконец вы озвучили цель своего проекта. Как я говорил, надо начинать с этого.
Давайте пофантазируем, какие задачи придется решать.
В качестве объекта автоматизации возьмем, например, контроль исполнения (надзор) за выполнением национальных проектов.

Документ по какому-то национальному проекту создается в системе один раз и дальше уже корректировке не подвергается. Т. е. только на чтение.
Документ по национальному проекту содержит перечень работ, которые должны быть выполнены, сроки выполнения, очередность работ и ответственных исполнителей (министерства, комитеты, различные государственные органы и т.п.).

Решаемые задачи.
1 Надежность хранения данных. Наверное, обеспечивается архивированием. Т.к. документы не изменяются, то архивирование выполняется только один раз, например, архивируется копия только что созданного в системе документа.
Все последующие данные, связанные с документами, архивируются по мере их накопления (нарастающее архивирование).
Естественно, должна быть реализована процедура восстановления архивных данных.

2
авторА функционал примерно такой. Пользователь создает вордовский документ, конвертится это все в pdf.Посмотрел. Создал другой маршрутный лист (ниже по уровню подчиненности).
Т. е. наверное, документы будут храниться не в БД, а в файловой системе.
Как будет осуществляться контроль доступа к этим документа и связанной с ними информации? Или этот контроль не нужен? Либо доступ не пользователей системы будет закрыт к компьютеру, на котором хранятся документы, либо для них будет запрещен доступ к определенным каталогам (папкам) файловой системы?

3
авторСоздается «письмо», к нему пристегивается этот самый pdf

Т. е. предлагается каждому участнику прикреплять собственно сам файл вместо указания в письме путь к файлу с документом на диске в случае локальной системы документооборота, либо url-ссылку в случае распределенной системы?

4
авторзаполняется некий маршрутный лист.

В системах, связанных с обработкой документов, обычно используется понятие “Жизненный цикл документа” (ЖЦ), которое основано на модели ЖЦ.
ЖЦ описывает возможные (допустимые) состояния документа (его статусы) и возможные (допустимые) переходы из одного состояния в другое.
Например, статус “Создан” - это новый документ, из него возможен переход в статус “На рассмотрение Мнфином” (или параллельно в другие статусы), допутимые сроки рассмотрения документа Дальше по аналогии с вашим маршрутным листом возможные переходы в другие статусы
Естественно, должен быть предусмотрен инструмент для работы с ЖЦ.

5 Система должна оnслеживать сроки выполнения задач. Если не соблюдаются, сообщать об этом куратору нацпроекта по e-mail или смс.

6
авторНу и прикручивается возможность обратной связи. Те если некий документ требует ответа, то прикручивается функционал добавления этого самого ответа.

Непонятно. Если ответ не требуется, то зачем направлять адресату?

7
авторПосмотрел. Создал другой маршрутный лист (ниже по уровню подчиненности).

Вопрос спорный. Если каждому разрешить менять маршрутный лист (ЖЦ), это может приводить к ошибкам - умышленным или случайным (забыли ознакомить кого-то с документом).

8 Изменение ЖЦ План работ по нацпроекту может быть рассчитан на несколько лет. За это время могут появиться какие-то новые инстанции. Как быть, если документ прошел часть маршрута и за это время появились новые инстанции, которые он ранее должен был пройти?

9 Т. к. ЖЦ содержит все этапы работы с документом и их сроки, то система должна вычислять процент выполнения нацпроекта на любую дату.

10 Разработка аналитических отчетов для куратора нацпроекта (степень завершения нацпроекта, текущий статус нацпроекта, список исполнителей, список задачь, невылнение задач и их причины и т. п.).

И другие задачи в зависимости от особенностей системы документооборота.