Mental_Force,

Ищите материалы по задаче Нормализация НСИ.
Это как раз то, что описано в Вашем примере. У Вас перечислены 2 справочника: справочник контрагентов (наименование) и справочник материалов (продукция).
Есть специальный софт (как правило, созданный для себя, компанией которая специализируется в этой области), который помогает при нормализации, но основную часть делает человек. Не менее важна методология формирования новых наименований (особенно относится ТМЦ).
Теперь вернемся к Вашему примеру.
Кроме названия у контрагента есть еще много всяких параметров: адреса, банковские реквизиты, регистрационные данные и т.д. Как показывает практика, уникальным ключом может служить сочетание ИНН и КПП. Сливаем все базы в одну, находим совпадения и объединяем их. Но не у всех записей заполнены все обязательные поля (которые согласовываются перед началом нормализации, цель которой - получение выверенного справочника и дальнейшая работа с ним), поэтому без ручного труда не обойтись.
Со справочником материалов посложнее - там очень сложно найти уникальные элементы, по которым можно провести сравнение. Поэтому есть два основных варианта:
1. Все записи по очереди анализируются и им присваиваются новые наименования.
2. В ходе работы предприятия, на основании текущей потребности в материалах, формируется новый эталонный справочник, а в старом "замусоренном" справочнике находятся аналоги и связываются с эталоном. Как правило, эти занимаются специалисты службы снабжения. Так постепенно нормализуются большая часть материалов, которые актуальны и используются. В старом справочнике останется много не нормализованных записей, но это не очень страшно - эти исторические и не используемые сейчас материалы и скорее всего на складских остатках их немного.
Очень важно правильно формировать новое название ТМЦ. Желательно, чтобы был механизм при котором минимизировались фантазия человека и возможность ошибок. Один из вариантов - это "сбор" наименования ТМЦ по шаблону из нескольких элементов. Пример: Болт М48х160 ГОСТ 7798-82 получается из сложения {Болт} {М}{48}х(160) [ГОСТ 7798-82]. Набор элементов для каждой группы ТМЦ можно сделать своим. Тогда занося занесение нового ТМЦ будет следующим: выберется группа "метизы", для этой группы определен набор обязательных полей, часть или все из которых заполняются из справочников значений.
Надо еще добавить, что у ТМЦ можно вести несколько наименований: одно для бухгалтерии, другое для покупателей/поставщиков, для производства и т.д.

Следующей задачей после нормализации идет сопровождение справочников - это относится к MDM (Master data management), основные задачи которого: ведение централизованного справочника и интеграция его с локальными справочниками, механизм заявок на добавление новых записей, создание новых записей, распространение обновлений на локальные справочники.

Я описал все очень поверхностно и обобщенно, но основную идею постарался передать...