Использую для этих целей Access.
Здесь есть мощные средства импорта в Access для самых разных файлов.
Загруженные таблицы можно соединить и обработать, сформировать выборки (запросы Access).
Прилинковать таблицу из СУБД через ODBC и сделать запрос на добавление данных в нее из запроса-выборки.
Наверное, есть специальные программки, которые загружают данные быстрее и легче.
Зато Access универсальнее и позволяет предварительную обработку данных сделать.