По порядку?
KOT MATPOCKuH1) В случае изменения бизнес-процесса, точнее шаблона БП (добавили/удалили активити) что происходит с реальными начатыми БП по этому шаблону (в предыдущей версии)???Все зависит от выбранной системы. Варианты:
в некоторых системах можно изменять шаблоны процессов, по которым были запущены экземпляры, и после изменения все запущенные экземпляры будут дальше исполняться в соответствии с новой схемой.
В других системах все запущенные ранее экземпляры продолжают жизнь по старой схеме, а все новые будут жить по новой.
Что лучше? Вот тут уж точно не угадать. Кто что предпочтет (чаще как раз слышу, что старые должны идти по-старому, поскольку часто процессы связаны с договорными обязательствами и должны идти по оговоренному порядку). Но могу на этот счет сказать, что с тех пор как мы стали рассматривать процессы не как один большой процесс с подпроцессами, а как совокупность взаимодействующих асинхронно процессов, то эта проблема как-то отошла на второй план. Поясню.
К примеру, ваш сквозной процесс "от заказа до оплаты" на каком-то этапе выполняет действия, связанные только с оплатой (а точнее - ожидает, когда будет получен сигнал об оплате). Так вот процесс оплаты в данном случае целесообразно вообще сделать отдельным, внешним, а из основного процесса только инициировать его иполучать от него сигнал. В этом случае вы можете менять процесс оплаты, но при этом основной процесс будет работать по-старому.
С таким подходом вы минимизируете риски глобальных изменений, но сохраните (или даже приобретете) гибкость.

Кстати, в некоторых системах можно менять на ходу схему уже запущенного экземпляра процесса. Но тут не забывайте про то самое "цена-качество"
KOT MATPOCKuH2) Что происходит в связи с этим с аналитикой? Т.е. затачиваем отчет, например, считаем количество каких-либо выполненных шагов БП (за период), а потом нужно внести изменение в логику БП и соответственно изменить логику расчета в отчете. Как это все реализуется (расскажите на пальцах, pls) в той или иной системе - чтоб сравнить можно было.Ну, во-первых, любая BPMS имеет свой репозиторий, в котором хранит информацию о всех шагах всех экземпляров. А любой отчет - это обращение к данным из этих таблиц. Не Вам, как программисту, объяснять, что попадет в отчет.
KOT MATPOCKuH3) В процессе БП А рождается документ, например, договор. Например на всех шагах БП есть аттрибут номер объекта (здесь возможно есть более лучшие реализации, подскажите). На документе мне также хотелось бы его иметь (в информационной системе далее ИС). Также есть множество других БП для одного и того же номера объекта. Вопрос: возможно ли построить стандартными средствами информационной системы э... рабочий стол (слово отчет здесь не подходит), в которой для заказанного номера объекта показывалось бы для бизнес-процессов формирования и подписания договоров - только последнюю версию текста самого договора, а по другим БП - список выполненных и ожидаемых процессов с рядом их реквизитов?это не очень понятно:( И сама постановка и то, что понимается под "стандатными средствами системы".

KOT MATPOCKuHАББерите отчет на bptrends и читайте страниц так 500 на английском :)
Что это? Где это? Кто писал? В чем был заинтересован, когда писал?О! Вот тут в точку! Как только вам тут назовут конкретную систему - тут же будут обвинены в том, что заинтересованы. Начните с обратного: назовите систему - и вам про нее выскажут мнения (может быть:))

KOT MATPOCKuHСоздание того же договора у нас охватывает 4 подразделения с несколькими операциями по подготовке в каждом. И я не имею ввиду операции типа "заполнить название", "заполнить телефон". Поэтому, процесс создания договора, например, у нас НАДО контролировать и автоматизировать.
А для остальной части системы договор и блок его параметров (сроки, спец.условия) - это всего лишь НСИ.Ну так отвлекитесь на минуточку от "хочу чего-нибудь синего, но красного" :)
Могут ли ваши пользователи "остальной части системы" использовать договор, который еще не создан?
Вполне естественно автоматизировать процесс создания договора (согласования, поправки, обсуждения...), и результат - положить документ в нужное место.
Другой процесс (точнее - другие процессы) используют полученный документ.
Основной вопрос-то в чем? кто и что должен видеть?