1. "- Внедренец, который по сути взаимодействует с обьектом, постоянно требует новых адоптаций и доработок, так как без этого типа не внедрить."
Если я правильно понял, лицо, которое осуществляет внедрение требует постоянных доработок? Плохой внедренец. Для того, чтобы внедрить, нужны четкие критерии сдачи системы в эксплуатацию, список критичных доработок для ввода в эксплуатацию. Причем закрытый список, пока в эксплуатацию не ввели, список не дополняется (исключение, если доработка останавливает работу системы)

2. "- Несет "отсебятину" - но при этом подает это как ТРЕБОВАНИЕ ОБЬЕКТА, после реализации доработки и показа ее клиенту - приходится перерабатывать."
Плохой внедренец, нет управления требованиями и клиентом. Нужно с самого начала озвучить правила игры. Есть формально зафиксированное, подписанное сторонами требование. Оно реализуется, по формальным согласованным сценариям сдается.

3. "- Разработчики постоянно сталкиваються с проблемами не точной постановки задачи, реализуют как бог на душу положит."
А как им еще реализовывать, если нет ТЗ на реализацию требования?

4. "- Внедренец (под коммерческим директором), и менеджер проекта (сам зам.генерального директора) относятся к разным веткам власти организации."
А кто заказчик?
Есть устав проекта и приказом по компании закрепленный документ с ролями, структурой проекта (там должен быть четко указан заказчик - лицо компании, которое отвечает реализацию требований и четко указан директор, который управляет деньгами, управляющий коммитет, которым управляет одно лицо.) и временем, которое должны выделять на проект люди? Нет? Значит, все это мероприятие врят ли закончится чем-то хорошим.

по поводу того, как работают 1С и Диасофт:) Это не лучший пример с точки зрения правильно поставленного процесса внедрения. Хотя вроде бы и компании, как вы сказали, крупные маленькие. 1С вообще-то сама не занимается внедрением. А Диасофт велосипед каждый раз изобретает.