Здесь уже правильно сказали, что назначение и цели создания системы - разные понятия.
Назначение, например, автоматизировать что-то,
а цели - получаемые от этого выгоды, как-то;
- расширение рынка сбыта (объема продаж);
- сокращение (или не расширение) штата сотрудников;
- сокращение времени обработки заказов и повышение конкурентоспособности;
- получение сертификата пл уровню защиты информации
и т. п.

Petro123
чем отличаются ТЗ при доработке/развитии информационной системы? Как идёт ссылка на ранее разработанную?

Дополнительное ТЗ пишется обычно в следующем виде:
"Изииенямын разделы"

"Пункт ТЗ" : "Имеется": "Должно быть"

Для новых пунктов пишется - "Введен вновь".
Для старых пунктов приводится формулировка с исправленными, дополненными или удаленными фрагментами.

Такая форма позволяет не ломать голову над назначением и целями (они вроде остаются прежними), а также легко сравнивать функционал старой и дорабатываемой системы.

Petro123
2.2 Цели создания Подсистемы
Основной целью создания Подсистемы является передача данных для информа-ционного обеспечения процессов принятия решения по обращениям участников ВЭД в налоговые органы по вопросам применения налоговой ставки 0% и возврате НДС уча-стнику ВЭД.
При этом Подсистема должна обеспечивать решение следующих задач :
1) своевременное представление информации в налоговые органы о фактическом вывозе товаров и транспортных средств через таможенную границу Российской Федерации;


Почему не сказать ясно и просто: Цель - сокращение срока возврата НДС? ( а не передача данных кому-то - это назначение).

Petro123есть ссылка на ЕГАИС )
- где воткнуть, что моя система не с нуля, а вторая очередь?
========================


Так вы определитесь с терминами: у вас доработка существующей системы или её расширение, развитие за счет новых, ранее не существовавших, элементов (т. е. 2-я очерель)?

Ибо 2-я очередь чего-то подразумевает создание дополнительногь продукта (изделия, сооружения и т. п.), которого до этого не существовало.
Тогда это новый функционал и на него должно быть полноценное ТЗ
(а не дополнение существующего ТЗ).

Petro123- Есть система A и на неё было ранее ТЗ №1


Работа по ТЗ №1 выполнена в полном объеме и сдана ? Никаких доработок и модернизаций не планиркнтся? Есkи "да", забудьте про это ТЗ.

Petro123
- Через 3 года II очередь, т.к. к системе A добавляем 2 новые подсистемы для 2-х субподрядчиков B, C.
- Чем отличается ТЗ №2 от №1 при ограничении (ЧТЗ на подсистемы В С не делаем)?

Если добавляете 2 новые подсистемы, то у них свое индивиуальное назначение и свои цели создания, свои требования к функционалу, поэтому на 2-ю очередь, имхо, надо писать отдельное полноценное ТЗ.
В нем, естественно, должны быть оговорены условия совместного функционирования с первой очередью (на отдельных компьютерах или параллельно с существующим ПО, совместное использование БД, совместимость по форматам данных и т. п.).

Petro123
... к системе A добавляем 2 новые подсистемы для 2-х субподрядчиков B, C.


Вообще-то ТЗ должно опиcывать требования к системе (что должно быть сделано), а не кем (т. е. распределение работ по субподрядчмкам в ТЗ не прописывается). Это уже договорные отношения.
(Формально это выглядит так: Заказчик разрабатывает ТЗ, а потом уже под него ищет исполнителей (например, по тендеру, конкурсу).
Если вы хотите явно обозначить, что эти 2 подсистемы должны разрабатываться разными субподрядчиками, вам над на эти подсистемы оформлять отдельные ТЗ.

Petro123т.е. непонятки в терминах:
II очередь/доработка/модификация/модернизация
какие из них русский слэнг, а какие официал?


II-очередь - официальный термин. Когда система расширяется за счет добавления новых, ранее не существоващих подсистем (II- очередь атомной станции - построили еще один атомный реактор).

Модернизацмя - та же система, но на новой элементной базе (современных компьютерах) или на операционной среде или БД.

Модифиция - та же система, но переделанная, например, под особенности конкретного пользователя для работы с новыми форматами данных, по новым бухгалтерскич (банковским) правилам, по новым протокалаи обмена данными и т. п.

Доработка - не существенное расширение и/или изменение функционала существующей системы (цель разработки остается неизменной), возможно, c элементами модификаций (например, доработка по результат испытаний, по результатам опытной эксплуатации и т.п.).

Как видите, у вас широкий выбор...