:) Часто бывает так, что даже в таких крупных проектах документации нет. Ну что ж если ее нет, то ее надо сгенерировать javadoc (к сожалению не приходится надеяться, что разработчики аккуратно писали комментарии, но все же это поможет понять структуру проекта).

А вообще, вот книжка: Клментс, Кацман, Архитектура программных систем
Читать главу "Реконструкция архитектуры"

Примерно это делается так:
При помощи программного средства выделяются сущности системы (пакеты, классы, методы и т.п.) и зависимости между ними. Получается большой и сложный граф. Ну а потом начинаются всякие манипуляции по разделению слоев и модулей.

iv_vaС помощью какого программного средства ???
В книжке чуваки пользовались инструментарием Dali, который якобы разработан в SEI. Но вот где его скачать я не знаю. А на сайте http://www.sei.cmu.edu/ полно информации по реконструкции архитектуры есть.