В первую очередь я бы определился с методологией того же анализа:объектно-ориентированный (тогда uml и как следствие роза, power designer), функциональный (idefx+bpwin) или незабвенный арис. при этом не следует забывать,что бизнес-процессы будут описаны не только для их использования внутри какого-либо софта (например,erp-системы), но и для связи множества интегрируемых систем, поэтому желательно чтобы софт интеграционной среды (websphere,njx,biztalk) также понимал описание этих бизнес-процессов,чтобы они не остались у вас на картинке на стенке.

Смею предположить, что это Информацыонно-аналытычыскый систэм.

Раз Вам надо сделать моделирование, так возьмите BPWin или тот же PD, там есть экспорт в Arena.Там все процессы и прогоните.