Странно, что тема называется "Как написать ТЗ", хотя реально автору нужна взвешенная оценка стоимости разработки программы или самой программы - что именно, не очень понятно :)

А. Если речь идёт об определении рыночной стоимости (цены) тиражируемого продукта, то это делается прежде всего маркетинговыми методами. Если продукт не тиражируемый и доступных для заказчика аналогов продукта нет - значит речь идёт о создании уникального продукта - см. п.2.

Б. Если речь идёт о том, каким образом определить ориентировочную стоимость разработки продукта (себестоимость для производителя), то нужно сделать следующее, выступив в ролях, или привлекая людей, выполняющих роли Аналитика + МП + Архитектора:

1. Определить набор требований, которому должна соответствовать система.
2. Определить структуру работ, которые должны быть проведены для реализации требований .
3. Оценить трудоёмкость работ и требуемый тип ресурсов.
4. Определить стоимость человекочаса для каждого типа ресурса.
5. Спланировать сетевой график работ.
6. Получить общие суммы трудоёмкости, стоимости и длительности работ.
7. Умножить полученные цифры на поправочный коэффициент, учитывающий степень рисков проекта.
8. К полученной сумме прибавить административные расходы (аренда офиса, оборудование, ПО, непроизводственные службы, зарплата высшего менеджмента).
9. К полученной сумме прибавить норму вашей прибыли.

Это только один из возможных вариантов.

В последнее время я даже предпочитают планировать работы и формировать оценки трудоёмкости и стоимости не от Требований к продукту, а от Целевого сценария работы системы (Бизнес-процесса), т.к. он позволяет учесть работы по внедрению и эксплуатации системы, но в вашем случае это не нужно, как я понял.