У нас сделано примерно так (достаточно просто, но наши потребности удовлетворяет):
В спецификации поставки два "ценовых" поля: Cost1 - цена поставщика, Cost2 - себестоимость с учетом всех затрат по данной конкретной поставке.
В проформе поставки есть раздел "Затраты", куда менеджер по поставке может вносить суммы затрат по данной конкретной поставке, выбирая статью затрат. После каждого изменения в этом списке затрат калькулируется себестоимость - общая сумма "размазывается" пропорционально "весу" каждой позиции.

В результате, по Cost1 вычисляется баланс с поставщиком, по Cost2 - рентабельность товара, ВП и т.п. финрезультаты.

Понятно, что общие глобальные затраты (аренда складов и т.п.) таким образом учесть очень трудно, но мы их и не учитываем (нас интересует не столько абсолютная рентабельность, ее можно вычислить позже, для всего бизнеса в целом, а сравнение рентабельностей, пусть и относительных, различных групп/наименований)

У нас товар - сурьезное компьютерное железо, затраты по удержанию складских площадей - пустяки по сравнению с потерями от "морального устаревания" (через полгода железка начинает стареть, цены катастрофически падают и если вовремя не продать излишки по дешевке, будут потери), поэтому на первом месте - мониторинг цен и "запаса рентабельности" товарных остатков. Такая вот специфика ))