Пользователь должен иметь возможность сам настраивать экранные формы. Как то шрифты, размеры, цветовую гамму.
Можно ещё посоветовать поставить более продвинутый видеоадаптер и увеличить частоту кадровой развертки. Можно увеличить глубину цвета рабочего стола. В винде есть еще куча всяких настроек - экспериментируйте. А на книжки по дизайну - наплюй. Есть мнение пользователей, которые работают с твоим творением - им и руководствуйся.
Смени монитор - если ничего не помогает. Глаза обычно болят, когда частота кадровой развертки мала. На ЖК мониторах этой проблемы нет, или почти нет.
На усталость глаз оформление интерфейса малое воздействие оказывает. Можно посоветовать ещё периодически давать глазам разрядку - это каждый выбирает для себя. На мой взгляд миф о том, что комп садит зрение - полная чушь. Я за монитором 15 лет - как была единица, так и осталась. Зрение сажает сам человек, а вот как он это сделает - выткнет глаз или сядет за телевизор - это его проблемы.

Дак я ж сказал, что прога должна позволять выбирать цветовую гамму. Кому-то нравится зелёное на синем - по мне - так нифига не увидишь.