Различие между RUP и ГОСТ 34 (точнее, КСАС), прежде всего, в назначении.

RUP про то, как правильно разрабатывать систему. ГОСТ 34, про то, как правильно оформлять результаты работ. Не побоюсь этого слова, как правильно бюрократизировать разработку. Последнее тоже важно, потому что при создании системы взаимодействуют заказчик и исполнитель (а также отдельные люди и группы внутри этих команд). Если история их взаимоотношений и принятые ими решения не задокументированы, то в случае разногласий будет очень сложно разобраться, кто прав, кто виноват, и что теперь делать.

Как уже было отмечено, никто не мешает разработку в содержательном плане вести по RUP, а документацию писать по ГОСТ. Никакого самостоятельного подхода к созданию систем, который противоречил бы RUP (MSF, экстремальному программированию и т.п.), ГОСТ 34 не предлагает.