maxterbearЕсли разработка ведется на некомпилируемых ЯП, таких как PHP, если у веб студии есть свои наработки, то как веб студии защищают свой код, если весь открытый код передается клиенту?
На договорной основе.

maxterbearТехнически клиент может украсть код CMS и использовать его дальше в других своих проектах.

Поверьте, ваши клиенты - это не те клиенты, которые могут украсть код CMS и использовать его дальше в каких-то своих нуждах. Те, которые в состоянии это сделать, возьмут бесплатную CMS, которых миллион.

maxterbearДопустимо ли клиенту продавать обфуксированный код?
Если договоритесь :) Понимаете, в вашей CMS коммерчески ценных фрагментов кода ноль целых, ноль десятых, этот класс ПО совершенно тривиален. Надо ли рисковать своей репутацией разработчика ради нее? Ведь если вы клиенту подсунете код с обфускацией, а он потом захочет самостоятельно его сопровождать и таки заглянет туда, вы и этого клиента потеряете, и всех потенциальных клиентов, с которыми он общается.
Если там что-то ценное имеется, например, какой-нибудь агрегатор информации с чужих сайтов, оформите его в виде библиотеки на компилируемом языке.