Вроде как всё правильно. Примерно так и строятся многие учётные системы. Для межскладских перемещений следует делать две записи: расход и приход с учётом знаков операции. Тогда остаток на складе является простой суммой всех операций "от начала" или некоего сальдо на дату. Очень легко реализуется полноценный партионный учёт.
В отдельной таблице ведётся аналогично, но не потоварно, а подокументно (поставки/оплаты) и в разрезе контрагента. Очень удобно выяснять задолженности, обороты, незакрытые счёта, сальдо на дату и пр.
Несмотря на некоторую избыточность, манипулировать такой структурой очень легко. Производительность этого тоже вполне удовлетворительная. Наличие системы различных атрибутов/признаков у документов и контрагентов позволяет быстро получить качественную отчетность в любом разрезе и одним (!) несложным запросом.