1С может загружать данные из файлов типа xml, dbf или txt. Организовать импорт проводок из файла в 1С не слишком сложно, однако чтобы получить регламентированную отчетность придется очень постараться. Во-первых автозаполнение форм регламентированной отчетности будет функционировать правильно только в том случае, если не вносить изменений в стандартный план счетов 1С. Следовательно - если коды и иерархия субсчетов в ИНОЙ кис отличается от стандарта 1С, тогда нужно подумать о том, как организовать преобразование проводок. Вторая проблема - налоговый учет, который в 1С ведется на вспомогательных счетах, т. е. если не сформированы проводки по этим счетам, то и декларацию по налогу на прибыль заполнять придется вручную. Третьи "грабли" - это аналитика. Для формирования регламентированных отчетов требуются аналитические данные по многим счетам, значит без субконто обойтись не получится. Как следствие - необходимость синхронизировать аналитику по счетам в 1С и ИНОЙ кис.
В общем простого решения ИМХО не существует.