Вот, смотрите ссылку - пример программы для сравнения двух баз данных.
Вообще все зависит от задачи - знаете ли Вы структуру хотябы одной БД или нет, для чего необходимо сравнивать в дальнейшем (сделать структуру одинаковой, выявить тождественные сущности, настроить репликацию между базами и т.д.) Методов много - начиная от ручного сопостваления экспертом и кончая полуавтоматическими выявлением сущностей на основе частотного анализа вхождения записей в отношения, данным схемы БД, сходстве содержимого аттрибутов по структуре информации и т.д. Книжечку не знаю, но информацию найти - можно.