Один и тот же блок может быть более чем на одной странице ? Один и тот же подблок может быть в разных блоках ?

Забыл, глубина вложения фиксированная, ограниченная ?

Даже с самом сложном случае (блоки могут входить в разные блоки одновременно, глубина вложений произвольная) для хранения блокв достаточно 2 таблиц.
СтраницыБлоки(Тип (Страница или Блок), Содержание)
Структура(СтраницаБлок, ВходитВСтраницуБлок)

krvsaStaslolЕсть сайт, на котором есть
--страницы
---на страницах размещены БЛОКИ
----а в блоках размещены ПОД_БЛОКИ

Как, логически и программно правильно, организовать хранение данных в mysql ?

На каждой странице может быть разное количество и комбинация блоков,
а в каждом блоке может быть разное количество и комбинация под_блоков
Как вариант...

СтраницыИДНазвание
БлокиИДНазвание
СвязиИД страницыИД блокаИД материнского блока

Разложение понятия СтраницаИлиБлок на две разные таблицы привела к проблемам в таблице Связи. Для блока верхнего уровня должно указываться айди страницы. Для блоков следущих уровней - айди блока верхнего уровня, айди страницы вычисляется. У вас получилас денормализованная таблица. На мой взгляд вариант с двумя таблицами СтраницаИлиБлок и Связи лучше.