goodkat_Есть элементарная задача: хранить список объектов, список групп и принадлежность объектов к группам.
Как лучше спроектировать БД, чтобы запрос вида "найди данные объектов из заданной группы" выполнялся максимально быстро?

Напрашивается решение:
objects: id, data
groups: id, ...
objects_in_groups: id, group_id, object_id

Запрос:
select objects.data
from objects, objects_in_groups
where objects.id = objects_in_groups.object_id and objects_in_groups.group_id = 128

Но на практике, даже при создании индексов по нужным полям, такой запрос выполняется очень долго.

Какие могу быть варианты?Сначала нужно понять, сколько записей возвращает такой запрос. Если милион, то ничего удивительного нет

Если мало, то нужно задать вопрос в фруме по соответствующей СУБД - там помогут найти проблему.

goodkat_Размер выборки колеблется от, примерно, одно тысячной до одной сотой от размера таблицы объектов (2 000-20 000).И "такой запрос выполняется очень долго" - это сколько?

goodkat_alexeyvg,

около минутыТут нужно разделить процессорное время и время получения ответа на клиенте.

Процессорное время должно быть меньше, а время получения ответа на клиенте для 10000 строк по одному килобайту и в сети с каналом 1 мб/сек получается 10 секунд - не так уж и мало. А может, там по 100 килобайт данные в каждой строке?

goodkat_Может быть при запросе данного типа происходит большой seek scan и вопрос уже упирается в дисковую подсистему? Сколько примерно записей в секунду может прочитаться при произвольном доступе с БД, считая, что происходит чтение с диска?Зависит от размера записи, от диска и от того, кто ещё борется за дисковые ресурсы.

Вообще примерно ненамного меньше паспортной скорости дисков.

И СУБД назовите. По конкретной СУБД вам сразу подскажут, что посмотреть и что сделать.

Пока ваше описание звучит как-то... неопределённо. :-)