AXAEКак сказывается на быстродействии то, что я стараюсь делать как можно меньше таблиц?
Скорее - плохо сказывается, хотя это изрядно бессмысленный вопрос. Его "бытовая" аналогия примерно такова - "как сказывается на безопасности движения то, что я стараюсь всегда ехать в левом ряду". Таблиц нужно делать не "как можно меньше", а "столько, сколько нужно, и не больше".

В том же примере с флажком легко построить примеры ситуаций, когда каждый из ответов будет правильным. В общем случае, совершенно правильную аналогию со шмотками я бы дополнил следующей фразой: если Вы живете в комнате вдвоем с супругой, две кучи "своих" вещей как правило будут удобнее, чем одна смешанная.

AXAEА кроме того - люди ведь не индексируют свои вещи))
Ошибаешься. Вещи в куче как раз хорошо проиндексированы, в небольшой куче эффективность как у хэш-индекса (увидел нужную - взял).

AXAEА если куча большая - даже человек в сотне вещей будет перебирать практически все вещи по порядку,
Да ладно тебе. Он просто развалит ее по принципу половина-направо, половина-налево и снова увидит нужное :)

Но именно поэтому начиная с определенного размера кучи человек раскладывает ее по полкам в шкафу (читай - по большему количеству тех же куч). Для малоселективных критериев (а твой флаг - из таких) партиционирование - один из вариантов эффективного выбора.

А на тему "не понял" - я бы советовал всерьез разобраться прежде, чем начинать серьезно работать, а до тех пор, пока не разобрался - не пытаться думать о сложных вещах, делать "так как естественнее".

AXAEНо раз уж я взялся - работать надо
Безусловно. Хотя стоит оценить, по силам ли задача - пытаться "до последнего" поднять неподъемное тоже нехорошо.

AXAEЯ делал "как естественней" - я запутался...
Нормально. Но в таких ситуациях нужно быть очень аккуратным вот с какой точки зрения: если есть проблема, нужно искать, как ее "правильно" решить. Не так уж редко люди ради решения мелкой и несложной в общем-то проблемы принимают "глобально неверные" решения, закладывают глобальную кривизну. Об этом - о том, что каждую проблему нужно решать на своем уровне, не эскалировать ее - всегда нужно помнить.

AXAEТаблицы появляются как грибы по мере того, как появляются все новые и новые условия задачи.
Само по себе "как грибы" - нестрашно. Системы с десятками тысяч таблиц отлично работают (хотя их пишет как правило не один человек). Важно адекватно контролировать их, не создавать лишних и дублирующихся итп.

AXAEПросто здесь на предприятии никто до конца не может объяснить, что собственно надо от базы данных (причем упоминается, что сейчас одно, а завтра может быть другое), поэтому я трепыхаюсь с ее структурой...
Работа при определении требований на ходу - отдельная большая тема. Я бы посоветовал создать топик на эту тему в подходящем форме, например в "разработке ИС" - думаю, люди скажут очень много, в том числе и полезного, тема больная.

В любом случае, главное - самому управлять процессом, не давать ему захлестывать, начинать управлять тобой. Задача решаема, две методики я могу назвать сходу, ну а вообще - читайте, оценивайте, и главное - старайтесь верно оценивать масштаб встающих проблем. То самое "как работать при меняющихся требованиях" - куда более важный вопрос, чем "сколько таблиц делать".