Человекто нужно заводить отдельную таблицу (ибо по сути это отношение "один ко многим").
Совершенно не обязательно. Для организации иерархии произвольной вложенности вполне достаточно единственной ссылки на родительскую запись.
Здесь, как я полагаю, основной задачей будет "быстро найти рефералов в ту и другую сторону". Исходя из этого, я бы подумал над хранением в записи id непосредственного босса и двух над-боссов. Тогда операции начисления делаются одним движением - в записи есть вся необходимая информация; просмотр делается запросом вида
select * from table where boss_id = :id or upper_boss_id = :id or super_boss_id = :id
Если оптимизатор не умеет - можно за него развернуть это в union all.
Человек
P.S. Честно говоря, затрудняюсь представить, для чего будет удобна Ваша структура. Она денормализована (то есть геморрой с целостностью) и в то же время не представляю себе операции, которую она ускоряет или облегчает.
