СЭ,

1. В первичном документе прихода на склад1 ничего изменять не нужно, нужно просто создать отдельный документ вроде "внутреннее перемещение" и сохранить помимо документа "приходная накладная от внешнего контрагента", указав в его атрибутах перемещение "откуда", "куда" и "скока".

2. Причин, по которым остатки (как количественные, так и суммовые) могут изменяться, может быть великое множество. Соответственно, и видов первичных документов, которые могут изменять остатки на складах, тоже великое множество, каждый со своими атрибутами:
- Приход от внешнего контрагента
- Внутреннее перемещение
- Выдача в эксплуатацию (или в производство)
- Приход/расход по итогам инвентаризации
- Возврат от покупателя
- Возврат поставщику
... и т.д.

3. Для того, чтобы отвечать на вопросы "сколько за любой промежуток времени чего и куда и чего пришло, ушло и сколько осталось", в учетном ПО, как правило, используются специальные структуры данных, нечто вроде электронных бухгалтерских счетов (или "регистров"). Первичные документы, когда регистрируются в системе, они выполняют ПРОВОДКИ по таким структурам, то есть, прописывают, в какой регистр пришло в сумме и в количестве и в каких аналитических разрезах (по номенклатуре, по складам и т.п.) и из какого регистра ушло, соответственно делается сразу две записи - в разные или даже в один и тот же регистр (бухгалтерский счет) со ссылками на первоисточник (первичный документ), который это движение вызвал. Пошукайте в инете "метод двойной записи". Остатки формируются не по массивам первичных документов, а собтсвенно по данным регистров (бухгалтерских счетов).

4. Наверняка будет несколько попыток сделать неправильно, затем полу-правильно. Через несколько лет, Вы поймете, как нужно делать "просто правильно" и почему. Всё это время пользователи нетленной самописки будут прибегать к Вам и сообщать то об одних проблемах, то о других. Ну, просто ради примера, очень редко могут, в принципе, возникать причины, по которым изменяются остатки по неформализуемым алгоритмам (то есть, невозможно придумать первичный документ с определенными атрибутами под абсолютно все ситуации). Такие ситуации обычно делаются без электронных документов со ссылкой, например, на "бухгалтерскую справку от такой-то даты", в которой словесным потоком описано, что почему и как должно модифицироваться, а в системе делаются "просто проводки", то есть, проводки без ссылок на первичный электронный документ. Так вот, через несколько лет Вы поймете, что Вам нужно наваять примерно то же, что уже наваял ИНФИН или 1С. Вне всякого сомнения, Вы приобретете богатый опыт и глубокое осмысление за это время, но контору, в которой Вы работаете, будет постоянно лихорадить. Пока некто не поймет, что все эти годы ушли на постижение неким сотрудником прописных истин и на попытки изобрести велосепед, который давно уже многократно изобретен, и что нужно было изначально просто купить готовый продукт и им воспользоваться, это значительно дешевле и порождает меньше потенциальных проблем, потому что такие продукты написаны людьми, которые уже прошли тот путь, в начале которого Вы находитесь. Решать, конечно же Вам, поступить честно или нет. Потому что, может статься, при таком раскладе Ваши услуги этому предприятию окажутся не особо нужны.