Есть локалка, в ней в компах торчат два USB ключа, бухгалтерский сервер тут же, все работает. Появляется другой сервер 1С в другой подсети, туда ходят те, кому админ прописал маршрут на компе. На новом сервере установлены электронные лицензии, он готов их раздавать нуждающимся.

Надо сделать так, чтобы клиент, подключаясь к старому серверу, брал лицензию с USB ключа, а подключаясь к новому, брал электронную лицензию с нового сервера.

Это вообще возможно?

Пока версии платформы 1С старого и нового серверов разные, можно решить вопрос правилами файрволла. А когда они станут одинаковыми что делать?

Да, есть.Но он один для всех инстансов и тем более для всех баз.