"Самопроизвольно" только дети появляются. Все остальное имеет вполне объяснимые причины.
Ваше подозрение описанное мелким шрифтом, на мой взгляд надо рассматривать как наиболее вероятную причину.
Не думаю, что по 1с-овским логам можно узнать что менялось в документе, максимум - это то - что данный документ был изменен/записан/проведен и т.д. каким либо польтзователеим.
Если у документа "Заказ покупателя" (или как там его называют) есть история изменений - то надо анализировать именно ее. Если истории нет - то в логах находим кто последний менял что либо в документе - и паяльник Вам в помощь.
И что подразумевается под фразой "...мало того совсем пропали из номенклатуры"? Совсем пропали из справочника "Номенклатура" или всего лиш из номенклатуры, изначально заявленной в данном документе?