Документ может быть создан из формы списка методом "создать", или на основании другого документа, или копированием.
В первых двух вариантах срабатывает метод ОбработкаЗаполнения, в котором способ создания легко различается (параметр ДанныеЗаполнения), в третьем - нет.

Практически же, если ссылка на документ-основание сохраняется в созданном документе как реквизит,недоступный для редактирования, то достаточно проверять ее на пустое значение. Объявив свойство "Проверка заполнения" в "выдавать ошибку" (правда, это никому не позволит создавать накладную без заказа). Или в методе объекта ПриЗаписи, с учетом ролей пользователя.
По крайней мере в двух реальных конфигурациях на УФ (УТ11 и УНФ) связь между Расходной Накладной и ее основанием именно такова