Gennadiy83,

дайте в голову своим пользователям,
1. с начало сделайте тестирование базы средствами 1С
2. если не помогло то пробуйте при внесение следующего дока. внести номер ручками и записать его должен порядок сохранится
3. если не помогло то пробуйте обработкой обновить нумерацию документов с отбором естесно
4. если не хотите то ждите нового года и сверните базу ну или нумерация должна начаться с №1 это если с нумератором не чего не навертели