Sergey Orlov,

Мусор там в каком виде? Визуально, если просматривать DBF без индексов? Или еще как?
Сначала, перед всеми экспериментами, сделать копию базы. Удалить все CDX файлы. Зайти в 1С в режиме Конфигуратор и сделать Администрирование / Тестирование и исправление ИБ. Вполне возможно, если такая проблема случалась, то это не в первый раз, просто не так критично было и незаметно прошло. С полученным списком проблем лучше не сюда, а на forum.mista.ru или forum.infostart.ru. На этих сайтах больше тусуется спецов по 1С, чем тут.

К вопросу о разрушении табличной части документов записи книги продаж. Проблема в том, что эти документы могут делаться и заполняться по разному. Если документ сделан на основании счета-фактуры, то, потенциально, его табличную часть можно восстановить по табличной части счетов-фактур. Но это "потенциально", потому что сказать, как счета фактуры у вас включаются в книгу продаж, может сказать только ваша бухгалтерия. У каждого свои особенности учета. По какой-то причине же используется у вас ручное, а не автоматическое ведение книги покупок/продаж. Второй вариант заполнения документа записи книги покупок, это без указания основания, просто по каким-то бухгалтерским соображениям. Восстановить такие можно или из бэкапа, или из головы бухгалтера.