Подскажу по пунктам

1.Возможно ли перенести наши данные из торговой проги в 1С - цена вопроса?
Перенести возможно, цена вопроса зависит от того что переносим и какой объем данных, перенести справочники и остатки займет 5 - 10 Человеко-День по трудозатратам, с документами 15 - 20 Человеко-День.

2. Перенести данный бухгалтерии из 1С и связать их с данными торговой проги - - цена вопроса?
Тут проще, если бухгалтерия 1с7.7 стандартная то по трудозатратам это 1- 2 Человеко-День на перенос данных, и 1- 2 Человеко-День по связке бухгалтерии с торговлей.

3. Какая нужна версия (конфигурация) для наших целей.
Связка УТ 11 и Бухгалтерии 3.0, если обособленные подразделения то бухгалтерия корп 3.0

4. Сервер - сколько и примерная стоимость
На 30 пользователей подойдет любой с высокой тактовой частотой процессора и быстрой дисковой подсистемой. За глаза хватит рабочей машинки с топовым Core i7 и SSD, цена вопроса 30 - 40к рублей.

Можно ли реализовать в 1С 8.2 следующее:
1. запуск по расписанию некоторых процессов - например рассылки по емайл напоминаний об оплате
Да в 1С это регламентное задание, функционал рассылки по емайл по расписанию отсутствует нужно писать 5 - 7 Человеко-День.

2. собственно рассылка смс и емайл
Да ,рассылка по емайл и смс есть в стандартном функционале УТ11

3. обмен сообщений м-ду пользователями 1С
Да, стандартный функционал УТ11

4. Работа с объеденными остатками - т.е. часть товара на ООО (учитывается бухом), а часть на ИП (бухучет не нужен) - а для манагера это все в одной куче
Да, стандартный функционал УТ11 и даже больше, полноценная интеркампани

5. проводки "отдельно" от бухгалтерии - т.е. манагер списал "кусок бочки", бухгалтер изменил на списание "кусок ящика"
Да ведь базы раздельные

6. многие конторы за время деятельности меняют ООО - можно ли эти ООО объединить для анализа статистики
Да, анализ в разрезе партнеров а не юр.лиц стандартный функционал УТ11

7. по номенклатуре - можно ли сделать так что данная запчасть является составной частью другой. А другая состоит например из этих 4-х
стандартный функционал УТ11 варианты комплектаций

8. по номенклатуре - например "Амортизатор 123" - позиция в номенклатуре одна, но он имеет кросс номера производителей ЦЦ - 345621, КК - 77621767, UUI - 878787 - и по поиску любого этого номера я найду "Амортизатор 123" и тыкнув в него я увижу что на кладе: от производителя ЦЦ и поставщика1 - 5 шт., производителя ЦЦ и поставщика2 -2 шт., и КК и поставщика2 - 1 шт. или как в прошлых версия нужно заводить для каждого производителя отдельную позицию?
Нет есть связь номенклатура поставщика - наша номенклатура, соответственно к одной позиции можно привязать сколь угодно много позиций разных поставщиков, но остатки храняться в разрезе нашей номенклатуры

9. Можно ли для скидок задать свой алгоритм в зависимости от наценки, производителя и поставщика (не вручную, а чтоб сама считала)
Да, стандартный функционал УТ11

10. При приходе - сама считала продажные цены (опт, розница) по заданному алгоритму и предлагала варианты, а оператор волен согласится или ввести свои цены
Да, стандартный функционал УТ11

11. Поиск по маске в наименованиях - напр. %Аморт%зад% (или *Аморт*зад* )
Нет

12. Есть ли АВС и XYZ анализы
Да, стандартный функционал УТ11 и даже больше, можно настроить предварительный расчет АВС и XYZ анализа по расписанию

13. Внедрение в интернет магазин - трудозатраты?
Сложный вопрос, от 20 до 40 Человеко-День.

14. Если будет подразделение в другом городе - синхронизация серверов? Насколько не проблематично? Объем данных? Я имею ввиду - у нас на одну продажу - будет синхронизироваться по одной записи из 4-х табл.
Зачем синхронизировать? пусть все работают в одной торговой базе, а вообще синхронизация происходит на уровне 1С а не SQL и выглядит как xml файл с правилами загрузки и данными для синхронизации, объем данных немаленький.

15. Формирование своих отчетов.
Да но вам придется освоить язык запросов 1С8

16. Возможность оперативного вытаскивания данных - например нужны все клиенты у кого директора зовут ИВАН и которые должны нам более 1000 руб. - причем эти данные нужны только один раз и сегодня.
Да но вам придется освоить язык запросов 1С8

17. Возможность получения данных с MS SQL сторонними приложениями, насколько "по-человечески" расположены там данные
Да, но данные расположены не "по-человечески", проще выдавать данные в сторонние приложения из 1С

Мое мнение, проект потянет на 120 - 150 Человеко-Дней, умножайте на ставку в вашем регионе и получите стоимость работ.
+ стоимость ПО
+ стоимость АО

Nitro_Junkie,

Розничное подразделение работает в терминале, в УТ11 если необходим функционал: заказов покупателей, просмотр остатков в других подразделениях, резервирование, предварительная оплата. Если функционал не нужен, а необходимо гарантировать работу кассы в отсутствии канала связи то подключаем к УТ11 POS-терминал.

Nitro_Junkie,
Отвечаю по пунктам

1.Так, а дисконтная программа, фискальные регистраторы, ну и просто интерфейс кассы - сдача, оплата карточкой и т.п.? И с какими POS'ами интеграция есть? И кто и когда туда закачивать будет?

Дисконтная программа, работа с ФР и интерфейс кассы в УТ11 присутствует, чтобы посмотреть надо развернуть у себя и настроить,
в online-демонстрации интерфейса кассы нет. По связке с POS-ами тут все печально, есть интеграция с Frontol и Штрих-М но на базовом уровне: цены, номенклатура, отчеты о розничных продажах. Если необходима более полная интеграция или интеграция с другим Front-офисом только писать. По обмену, он есть в ручном режиме, он есть в автоматическом(выгружаеться сразу), при необходимости можно настроить обмен по расписанию но тут тоже писать.

2.Вот тут я просто ничего не нашел такого. Когда под "кассиром" захожу какие-то приходные и расходные кассовые ордера только вижу.

Попробуйте зайти под ролью КассирККМ.