andrew shalaevЯ предложил вариант с разнесения данных на различные файловые группы:
Индексы, наиболее используемые таблицы, возможно некоторые партиционировать. Но программисты 1С сказали, что при обновлении конфигурации будут конфликты, но не смогли сказать в чем именно будут заключаться конфликты.


Конфликты будут заключаться в следующем: при обновлении 1с может пересоздавать некоторые таблицы заново. Естественно при этом они будут создаваться в основной файловой группе, без партицонирования, дополнительных индексов и т.п., причем даже имена таблиц могут поменяться.
Соответственно нужно:
1) Уметь автоматизировано контролировать, что 1С-ка не снесла плоды ваших трудов (при этом из 1С нужно получить актуальные текущие имена таблиц).
2) Уметь автоматизировано заново восстанавливать снесенное и иметь резерв времени на это.
Все это вполне возможно, но стоит некоторых трудов и требует некоторых знаний как в 1С так и MS SQL (ну или плотного взаимодействия специалистов).