int64,

можно так, быдлокод конечно, но все таки как вариант, если совсем просто:

ВЫБРАТЬ
НоменклатурныеГруппы.Родитель.Родитель
ИЗ
Справочник.НоменклатурныеГруппы КАК НоменклатурныеГруппы
ГДЕ
НоменклатурныеГруппы.Ссылка = &Ссылка

Или рекурсией:

Функция ВернутьРодителя(Элемент) Экспорт

Если Элемент.Родитель.Пустая() Тогда

Возврат Элемент;

Иначе

Возврат ВернутьРодителя(Элемент.Родитель);

КонецЕсли;

КонецФункции

Функцию, думается мне адаптируешь сам. В данный момент она получает самого верхнего родителя, но с небольшим допилом сможет решить твою задачу.