Lelen,
Для начала проанализировать ссылки на элементы этого справочника. И если они есть- задачу надо ставить совершенно по другому.
Не "удалить и заполнить заново" (хоть это и предельно просто), а "синхронизировать состав и содержание справочника с таблицей ORACLE"

LelenПоле справочника Номенклатура есть СсылкаСправочник.Маршруты. И как же в этом случае поступить? Просто удалить и заполнить заново не получиться???
Тогда надо определить, что будет однозначно сопоставлять элемент справочника 1С с записью в твблице Оракла.
И при загрузке:
1. сформировать список элементов справочника
2. для каждой записи Оракла найти уже существующий элемент в этом списке
Если найден - исправить при необходимости его содержание в справочнике и удалить из списка.
Если не найден - добавить в справочник.
3. После обработки всех записей в списке могут остаться элементы - это то, что в опорной таблице Оракла было удалено между синхронизациями. Вы уж там с начальником вашим определитесь, что делать с ними.