ТС, вам нужно ответить на несколько вопросов, для того что бы понимать так это или нет.
Вопросы:

1. Мы считаем, что в конфигурациях 1С все реализовано оптимально и потому "молимся" на неё. Или все жё, мы понимает, что 1С, это один из возможных вариантов ведения некоторых разделов учета, который может не совпадать с нашими взглядами/потребностями.
2. Мы пониманем что мы хотим и как?
3. Нам нужен опер.учет?
4. Мы готовы это оплачивать

Пункт первый. думаю, очевиден.

Мы понимаем...
Это значит, что у Вас есть(в штате или аутсерс или как-то иначе) специалисты которые все ваши хотелки могут внятно изложить в документированном виде(в виде инструкций, схем, графиков - в общем, формализовать).

Нам нужен опер учет
По результатам пункта 1, решаем, нужен нам отдельный опер.учета или достаточно бухгалтерского.

Мы готовы это оплачивать
Если, нужно и есть формальзованное описание, то ищем специалистов, которые могут переложить ваши требования на 1С. Они уже Вам разъяснят, стоит ли использовать отдельную базу или вести в одной. Сколько на это потребуется время, сколько это будет стоить внедрить и сколько это будет стоить на поддержке.

Две базы-одна база?
Вопрос в НСИ, вопрос очень не простой.


Вот, собственно, и всё.

P.S.
Вопрос