надо переиндексировать, тогда удаляться будет быстрее
По моему функция называется _1SDBReindex - вот её прямо в Скуле запустите, а как она отработает, стартуйте своё удаление

и еще совет - удаляйте документы внутри транзакции - так будет гораздо быстрее

IraSysИмеет ли это значение, если удаление идет в монопольном режиме? Если да, то имеет ли смысл ограничить транзакцию определенным количеством удаленных документов. (как в стандартном wrap.ert по 10 шт)

в режиме скуля монопольный режим не дает преимуществ по быстродействию.
На быстродействие по удалению сильно влияют пересчет итогов, если у вас учет на регистрах.
Для увеличения скорости удаления надо сначала перенести точку актуальности итогов на начало учета, после чего удалить все нужные документы, а затем уже и двигать точку актуальности на последний учетный документ.

Если же ТА не будет перемещена, то при удалении каждого документа происходит пересчет всех итогов в регистрах от даты удаляемого документа до точки актуальности.