Разница есть.
1) .Ссылка Если запрос дальше не обрабатывается 1С для представлния на экране, то в этом поле будет сссылка на объет.
2) В зависимостти от настройки конфы у справочника по умолчанию в пользовательском представлении может выдаваться либо код эелемента, либо - его наименование. Эта настройка может быть изменена программистами 1С в просессе сопровождения конфигурации.
3) Если вас устроит ссылка на элемент, то это будет дешевле. Если Вам в итоге нужнго пользоваетельское представление - разницы небудет.