Могло быть так:

1) Пользователь создал расходник, нажал сразу кнопку провести, в процессе проведения или ПриЗаписи да еще бог знает где, произошел откат транзакци (скорее всего отказ произошел или в ПриЗаписи или в ОбработкаПроведения, т.к. запись уже была вставлена в БД)
2) В этот момент кто-то делал еще расходники, результат - пропущенные номера....

Или так, пометили на удаление и потом удалили
А может и непосредственно удалили

1С вытаскивает номера простым образом:
А простой эксперимент говорит, что все это фуфло

Запускаем отладчик, ставим точку останова в начале метода ПриЗаписи, записываем документ, доходим до точки останова, останавливаемся "висеть"

Запускаем еще одну копию предприятия, создаем тот же вид документа и уже (о чудо!) видим что нумерация стала больше на 2 от последнего присутствующего документа в системе, грохаем сессию запущенную под отладчиком, транзакция откатывается и вуаля пропущен один номер.

Программист 1с, так проблема то не у меня )