Возможно, неоптимально организован обсчет вычисляемых полей.
У меня раз был случай (давно, на 7.7 еще), обраба висла из-за обновляемой надписи типа "Строка 1/1000 Колонка 2/10.", вычисляемой по Таблице значений на форме. Причем не сразу - поработают - и привет, встает колом.
Для начала - навтыкай точек останова в события формы, которые могут явно или косвенно отрабатывать при получении фокуса мятежным элементом управления - и ищи пошагово момент, на котором виснет. Если 8-ка, то там всякие ОбновлениеОтображения(), ПриВыводеСтроки() и т.п.
Если СКЛ-ная база - можно попробовать отловить Профайлером - что за запрос в этот момент выполняется.

Остальной-то функционал нормально из терминала работает? Если конфа глючит на терминале массово, там, где без терминала все нормально - может с системными настройками чего-то не то, криво 1С установлена и т.п.